ГКУ «Испытательный центр» берет свое начало от Санитарно – технологической лаборатории Управления общественного питания при Совете Министров БАССР, созданной в 70-хх годах прошлого века с целью контроля качества продукции общественного питания и кондитерских изделий.
С 1992-2003 гг. лаборатория преобразована в Республиканскую санитарно – технологическую лабораторию при Министерстве торговли Республики Башкортостан.
С 2004 и по 2006 гг. – лаборатория преобразована в Государственное учреждение «Республиканская санитарно – технологическая лаборатория». Функциями её оставались контроль предприятий общественного питания и лабораторные испытания пищевых продуктов.
Увеличение оснащенности лаборатории началось с 2006 г., после создания Государственной инспекции Республики Башкортостан по обеспечению контроля за оборотом и качеством продовольственных товаров и защите прав потребителей.
Расширилась сфера деятельности испытательного центра – проводились лабораторные испытания пищевых продуктов, реализуемых на территории Республики Башкортостан. Состав продуктов претерпел существенные изменения – стали применяться различные пищевые добавки (консерванты, улучшители, заменители и т.п.), появились фальсификаты. Для выявления фальсификатов потребовалось современное аналитическое оборудование – газовые и жидкостные хроматографы, системы капиллярного электрофореза, термостаты, высокоскоростные центрифуги и т.п. Все это приобреталось и внедрялось в практику испытательного центра.
С 2008 г. ГКУ в составе Госпродуправления РБ по защите прав потребителей и контролю за оборотом и качеством алкогольной продукции. Испытательный центр проводит лабораторные испытания алкогольной продукции. Для ее анализа также приобретено дополнительное оборудование, обеспечивающие поточность проведения испытаний.
В 2009 г. на базе испытательного центра было создано Автономное учреждение Республики Башкортостан, которое продолжило деятельность в указанном направлении.
В 2012 г. произошло изменение типа юридического лица с образованием Государственного бюджетного учреждения «Испытательный центр».
С июля 2013 года на базе ГКУ «Испытательный центр» реализуется региональный проект «Продукт Башкортостана».
ГКУ «Испытательный центр» является подведомственной структурой Министерства торговли и услуг Республики Башкортостан. Производственные и торговые организации региона, на добровольной основе обращаются в ГКУ «Испытательный центр» для проведения анализов продуктов питания, алкогольной продукции, питьевой воды. Исследовательский центр оснащен современным оборудованием, является одним из ведущих в республике. Испытательный центр ГКУ «Испытательный центр» аккредитован в национальной системе аккредитации и соответствует требованиям ГОСТ ИСО/МЭК 17025-2009 - аттестат аккредитации № RA.RU.21АГ55. Испытательный центр включен в реестр лабораторий, осуществляющих оценку соответствия пищевой продукции требованиям Технических регламентов Таможенного союза.
C января 2017 г. преобразуется в государственное казенное учреждение «Испытательный центр».